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Résumé :
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L'ADN environnemental (ADNe) est un ADN qui peut être extrait d'échantillons environnementaux (tels que le sol, l'eau, les matières fécales ou l'air) sans l'isolement préalable d'un organisme. L'analyse de l'ADN environnemental a le potentiel de fournir des informations à haut débit sur les taxons et les gènes fonctionnels dans un environnement donné, et se prête facilement à l'étude des écosystèmes aquatiques et terrestres. Il peut fournir une compréhension des communautés biologiques passées ou présentes ainsi que de leurs relations trophiques, et peut ainsi fournir des informations utiles sur le fonctionnement des écosystèmes. Les biologistes manifestent désormais un intérêt croissant pour l'application de l'analyse de l'ADN environnemental à leurs propres recherches. Cependant, les bonnes pratiques des biologistes dans l'application de l'analyse de l'ADN environnemental sont actuellement largement dispersées dans de nombreux articles, nombre d'entre eux ne présentant que des résultats préliminaires et utilisant une diversité de méthodes. Dans ce contexte, l'objectif principal de ce manuel pratique est de fournir aux biologistes (étudiants et chercheurs) le bagage scientifique nécessaire à la compréhension et à la mise en oeuvre des meilleures pratiques et analyses basées sur l'ADN environnemental. Ce manuel avancé convient aux étudiants des cycles supérieurs et aux chercheurs professionnels dans les domaines de l'écologie, de la biologie de l'évolution et de la biologie de la conservation.
Environmental DNA (eDNA) refers to DNA that can be extracted from environmental samples (such as soil, water, feces, or air) without the prior isolation of anay organism. The analysis of environmental DNA has the potential of providing higt-throughput information on taxa and functional genes in a given environnement, and is easily amenable to the study of both aquatic and terrestrial ecosystems. It can provide an understanding of past or present biological communities as well as their trophic relationships, and can thus offer useful insights into ecosystem functioning. There is now a rapidly growing interest among biologists in applying analysis of environmental DNA to their own research. However, good practices among biologists in applying analysis of environmental DNA are currently widely dispersed across numerous papers, with many of them presenting only preliminary results and using a diversity of methods. In this context, the principal objective of this practical handbook is to provide biologists (both students and researchers) with the scientific background necessary to assist with the understanding and implementation of best practices and analyses based on environmental DNA. This advanced textbook is suitable for both graduate level students and profesionnal researchers in the fields of ecology, evolutionary biology, and conservation biology.
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