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Résumé :
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Les maladies infectieuses animales endémiques, aussi appelées enzooties, représentent un lourd fardeau sanitaire et socio-économique. Pour établir des mesures de gestion efficaces, il est crucial de comprendre les dynamiques épidémiques de ces maladies. Toutefois, le manque de surveillance des enzooties limite souvent leur caractérisation épidémiologique fine. L'épidémiologie génomique et les méthodes phylodynamiques associées permettent de reconstruire les dynamiques épidémiques passées d'agents pathogènes à partir de données génomiques limitées, mais ces approches sont rarement appliquées aux enzooties. Elles pourraient pourtant fournir de nouvelles perspectives sur les dynamiques de population, sur la circulation de ces maladies et sur les mécanismes qui sous-tendent leur persistance.L'objectif de cette thèse était alors de mener une approche d'épidémiologie génomique pour étudier la diarrhée virale bovine (BVD), dont les dynamiques de circulation et de transmission restent largement méconnues. La BVD est une maladie causée par des pestivirus et est enzootique dans la plupart des pays producteurs de bovins. Son impact économique a conduit à l'instauration de plans d'éradication dans plusieurs pays, y compris en France depuis 2019. Ce contexte a offert une excellente opportunité d'échantillonnage sur laquelle repose cette étude.J'ai génotypé environ 1000 échantillons positifs à la BVD, collectés sur des bovins en France et séquencés à l'aide d'un marqueur pan-pestivirus. Les analyses phylogénétiques ont révélé la prédominance et la persistance des génotypes 1b et 1e de Pestivirus bovis depuis près de 30 ans, avec des fréquences relatives présentant peu de variations aux échelles régionales et nationales. De plus, les résultats suggèrent que le génotype 1b, largement répandu à l'international, a été introduit plusieurs fois en France, contrairement au génotype 1e, qui est présent majoritairement en Europe de l'Ouest.J'ai pas la suite développé un protocole de séquençage haut débit par PCR multiplexe, adapté à la diversité génétique précédemment décrite. Ce protocole a permis d'obtenir les génomes complets de plus de 500 échantillons positifs à la BVD collectés dans deux régions françaises productrices de bovins. Les analyses phylodynamiques et phylogéographiques sur ces données génomiques ont révélé (i) la circulation de génotypes sous forme de nombreuses chaînes de transmission indépendantes s'étendant sur plusieurs décennies, (ii) l'impact significatif des mesures d'éradication sur les dynamiques des populations virales, (iii) une circulation virale limitée entre et au sein des deux régions étudiées et (iv) des schémas de dispersion locale variables d'un génotype à l'autre, ce qui suggère des processus de transmission distincts.Enfin, les facteurs de risque associés à deux types d'information ont été évalués : l'incidence des cas détectés dans le cadre du plan d'éradication et la distribution des génotypes principaux de P. bovis. Pour cela, j'ai utilisé une analyse de boosted regression tree. Bien que le pouvoir explicatif des modèles basés sur les données de cas soit limité, ils contribuent à enrichir l'analyse phylogéographique en mettant davantage en lumière les facteurs liés au commerce dans la distribution des génotypes.Ce travail de thèse a mis en évidence des différences épidémiologiques majeures entre les deux génotypes de P. bovis responsables de la plupart des cas de BVD en France, ce qui pourrait avoir des implications opérationnelles dans les phases avancées du plan d'éradication de la maladie actuellement en cours. Il illustre également l'apport des approches génomiques à l'étude des maladies enzootiques.
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