Résumé :
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Le genre Populus est un organisme modèle important en biologie forestière et une nouvelle utilisation des peupliers en tant que fournisseur de biomasse pour des agrocarburants de deuxième génération est en train d'apparaître. Pour cela, une amélioration génétique est nécessaire, amélioration qui passe par le développement de marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Le but de l'étude était de détecter des SNP sur dix gènes candidats impliqués dans la résistance à la rouille foliaire, dans la qualité de la biomasse, ainsi que dans la croissance radiale chez deux espèces de peuplier, le peuplier noir (Populus nigra L.) et le peuplier à feuilles deltoides {Populus deltoides Bartr. ex Marsh.). Notamment, y-a-t'il du polymorphisme chez les gènes candidats choisis ? Ce polymorphisme ségrège t-il dans des croisements P. deltoides x P. nigra ? Huit clones de chaque espèce ainsi que 26 descèndants ont été retenus. La méthodologie a été le séquençage en Sanger de produits PGR issus d'un seulindividu et le dessin d'amorces allèle-spécifiques. Un total de 15181 pb pour P. nigra et de 16 417 pb pour P. deltoides de séquences alignées ont été obtenues. En moyenne, un SNP toutes les 171 pb pour P. nigra et toutes les 120 pb pour P. deltoides est trouvé. Une grande variation est observée entre les différents gènes, variant entre 2,3 à plus de 15 SNP/kb. La diversité nucléotidique totale est de 0.0026 pour P. nigra et de 0.0030 pour P. deltoides. Pour l'étude des descendants, des amorces allèle-spécifique sur les SNP non synonymes dans les exons détectés chez les parents ont été dessinées. Les amorces ont été testées, et après de nombreux ajustements, la méthode n'est toujours pas au point. Cette étude, qui a permis la découverte de nombreux SNP, va initier un proiet plus large.
Populus is an important model organism in forest biology, and poplars are predicted to play a key role in biofuel production. As a consequence of this new use, a breeding program is needed, at the beginning of which we need to discover new single nucleotide polymorphisms (SNPs). The aim of this study was to detect SNPs in ten candidate genes involved in growth, in leaf rust resistance and in biomass quality in the Black poplar (Populus nigra L.) and in the Eastern cottonwood (Populus deltoides Bartr. ex Marsh.). ls there nucleotide polymorphism in these candidate genes? ls this polymorphism segregate in crossings of P. deltoides x P. nigra? Eight clones of each species and 26 full-sibs were chosen. Method was DNA sequencing of PCR products from a single individual and design of allele-specific primers. A total of 15 181 bp for P. nigra and 16 417 bp for P. deltoides of aligned sequences were obtained. On average, one SNP of 171 bp for P. nigra and one SNP of 120 bp for P. delfoides is found. A large variation is observed between every gene, ranging from 2.3 to over 15 SNPs/kb. The average pairwise sequence diversity is 0.0026 for P. nigra and 0.0030 for P. deltoides. Allele-specific primers were designed on the non-synonymous SNPs in exons detected in the parents. The primers were tested, and after many adjustments, the method is still not developed. This study, which uncoveredmany SNPs, will help initiate a larger project.
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